根据现今所存的许多清真寺寺志和碑拓来看，我国大部分清真寺都始建于明代，清代则是发展的高峰期。明清时期的清真寺，在建筑形制、布局、装饰等各方面，都具有鲜明的中国化特色。

      这个时期建筑的清真寺融合了中国传统的建筑文化与伊斯兰建筑文化：既体现了中国传统建筑的风格，又具有某些伊斯兰建筑的元素；既与中国的文庙、佛寺、道观等建筑不同，同时又有别于国外的清真寺，形成了具有中国文化特点的独特韵味。

      明清时期的清真寺建筑，大多采用中国传统的合院式建筑形制，以对称布置和独立院落为基本特征。清真寺通常以礼拜大殿为中心，沿中轴线两侧设立不同院落，共同形成完整的院落群体，同时配有影壁、牌坊、碑亭等建筑。

      比如，北京牛街清真寺，共分三进院落。清真寺对面的汉白玉底座灰砖影壁，是中轴线的起点。在中轴线上，依次排列正门、望月楼（六角形双层亭式楼阁）、礼拜大殿等建筑，两侧则有邦克楼、厢房、碑亭、讲堂等建筑。整座建筑左右对称、和谐有序。

      陕西西安化觉巷清真大寺也具有代表性。化觉巷清真大寺是一座园林式的建筑，沿中轴线依次分为四进院落，第一进院在砖雕照壁的对面，是建于17世纪初的木质牌坊，飞檐斗拱层叠，蔚为壮观，两侧则是厢房；二进院竖立有明代的石牌坊，两侧竖有石碑；三进院落正中是二层三檐八角攒顶的“省心楼”，巍然高耸；第四进院落，有一座集牌楼和亭阁于一体的“一真亭”。屋顶覆以蓝色琉璃瓦、飞檐斗拱的礼拜大殿也位于这个院落。整座建筑布局规整，左右映带，堪称中国清真寺古典建筑的杰出代表。

      明清时期清真寺的庭院大多具有浓厚的生活气息，院子内遍植花草树木，有的还堆石叠翠。这些庭院具有中国园林的营造特征，在空间上突破局限，运用“延伸空间”“虚复空间”的手法，使园内的空间与自然景致巧妙地融合在一起。

      明清时期的清真寺的各个主体建筑也具有中国特色。大门通常采用中国传统的木结构门楼。比如，山东济宁清真东大寺是木栅栏式寺门，栅栏后有石质碑坊，雕刻有浮雕，大小额枋上刻有卷草；河北泊头清真大寺的寺门为单檐歇山式，朱漆铜铆，门前还立有两方上马石，竖有高旗杆……这类寺门是中国清真寺独有的。邦克楼通常采用中国传统的木结构楼阁式建筑。比如，河南郑州清真北大寺的邦克楼就极具特色。这是一座楼阁式建筑，四角飞檐，楼顶为绿色琉璃瓦，挂有风铃；由12根石柱支撑，其中8根石柱上还分别刻有中阿文的对联各两幅。这类中国化的邦克楼建筑，为清真寺整体建筑带来了灵动的色彩。礼拜大殿是清真寺的核心建筑。明清时期的清真寺的礼拜大殿通常采用木结构起脊式建筑形制，包括悬山顶、歇山顶、庑殿顶等各种形式。比如，山东济宁清真西大寺的礼拜大殿（全国起脊式清真寺大殿中最大的一个，规模宏伟仅次于北京故宫太和殿），木结构建筑，分为4个部分：前部为卷棚；前殿为单檐庑殿顶；中殿和后殿都为重檐歇山顶。各殿都用勾连搭相连，主次分明，使整座大殿建筑既成为一个整体，同时又极富变化。

      勾连搭结构（两栋或多栋房屋的屋面沿进深方向前后相连，在连接处做一水平天沟向两边排水的屋面）的建筑形式可以扩大建筑的室内空间。由于清真寺的礼拜大殿的空间纵深很大，同时又要解决采光与防雨的问题，所以从明代以后勾连搭结构就被广泛运用于中国清真寺的礼拜大殿。勾连搭的建筑结构是中国清真寺大殿建筑独有的建筑形式，在中国古建筑史上也占有重要地位，这可以说是中国清真寺建筑的一大特色。

      在建筑装饰方面，明清时期的清真寺将中国传统建筑装饰手法与伊斯兰装饰风格相结合，形成了独特的装饰效果。

      彩绘艺术是中国传统的建筑装饰艺术，在隋唐时期被大量应用，到明清达到鼎盛时期。明清时期的清真寺最为常用的装饰方法就是中国传统的彩绘，主要以花卉、几何图案或阿拉伯文字为装饰元素，通常绘于梁枋、柱头、窗棂、门扇等建筑木构件上，既起到了装饰的功能，也使清真寺增添了庄严肃穆的氛围。西安化觉巷清真大寺礼拜大殿的彩绘堪称代表。大殿藻井的装饰共有600余幅彩绘，为阿拉伯文组成的几何图案，线条流畅，层次丰富。一图一文各有千秋，充分展现了中国彩绘艺术的魅力。此外，窑殿四壁则遍布雕画，图案是缠枝蔓草花纹套雕《古兰经》经文，色彩绚丽；而南北山墙上则有砖刻的花卉硕果，雕工精细，是清代砖雕的精品。北京牛街清真寺的礼拜大殿也是彩绘装饰艺术的杰作，大殿顶部有百余幅彩绘，绿底红边，充分表现了彩绘装饰的独特魅力。

      在装饰内容上，明清时期的清真寺也融入了中国传统的装饰元素。比如，陕西西安大学习巷清真寺的内部装饰，以雕刻和彩绘为主，除了伊斯兰文化中通常采用的以花草纹烘托《古兰经》经文，以阿拉伯几何图案作为画面等形式之外，也融入了中国传统吉祥图案，比如牡丹、松竹、荷花出水等，用来作为清真寺的内部装饰。

      此外，不同地区的清真寺通常都会因地制宜，采用当地特殊的装饰手法，形成不同的地方特色。比如青海湟中县以砖雕、木雕工艺著称，因此位于此地的洪水泉清真寺就依此采用了大量的砖雕、木雕的装饰。清真寺迎门的青砖照壁，全部用六角形绣球式的花瓣雕成，所呈现的优美的质感及线、面所组成的美丽纹样，构成一种柔和的韵律，令人叹为观止；邦克楼的窗棂、大殿的格门的雕刻、八字墙上布满的雕花，都十分精美……这座清真寺的砖雕、木雕图案繁多、工艺精湛，甚至被誉为“民间民俗吉祥图案的宝典”。山东济宁以石雕工艺著称，济宁清真东大寺也用石雕进行装饰，寺内建于康熙三十九年（1700）的石刻日月坊，更是石雕精品。

      在明清时期出现了以中国传统的儒家文化来弘扬、阐释伊斯兰文化的“以儒诠经”活动，所谓 “以中土之汉文，展天方之奥义”，促进了伊斯兰文化和中华传统文化的融合，使两种文化相互交融。明清时期的清真寺，实际上就是伊斯兰教中国化的建筑体现。

      “中国清真寺，目前见到的绝大多数为元以后、特别是明清以来创建或重建。明代清真寺，在建筑的整体布局、建筑类型、建筑装饰、庭院处理等各方面，都已具有鲜明的中国特点。而清代则是中国伊斯兰教建筑大发展的高峰时期，中国清真寺的特有建筑型制正是在此时完全形成的。”（冯今源：《中国清真寺建筑风格赏析》）明清时期的清真寺表现出的中国化的建筑风格，是清真寺建筑形式与中国传统建筑范式相结合而发展出来的独具中国特色的清真寺建筑风格，“既为我国建筑形式的民族化、多样化提供了成功范例，内化了中国穆斯林对中华文化的高度认同”，同时也是中国穆斯林对世界伊斯兰教建筑的一个贡献。